Мамлекетибиз өз алдынча эгемендүүлүктү алганга чейин Орто Азия жана Казакстан мусулмандарынын башкармалыгы Ташкентте Муфтият болуп турган. Ал эми Орто Азиянын бизге окшош мамлекеттери Казыят болуп аталган. Орто Азия жана Казакстан мусулмандарынын Диний башкармалыгынын бир бир бөлүгү болуп эсептелген, Кыргызстан мамлекетинде да Казыят болуп, анын башчысы Казы деп аталган. Ошол учурда биздин Кыргызстанда көп аалымдарыбыздын насип буйругандары казылык милдеттерин аткарып келишкен. Алынган маалыматтарга караганда, Кыргызстанда Казыят эң биринчи жолу 1943-жылы түзүлгөн. Кыргызстандагы мусулмандардын Казысы болуп төмөндөгү адамдар кызмат өтөшкөн:
1. Шакир кожо уулу Алимхан төрө
2. Жээнбек уулу Мусулманкул ажы
3. Назарбек уулу Максыт ажы
4. Абдуллажан максым Абдулахунов
5. Парпиев Мамасали ажы
6. Орунбаев Темирбай ажы
7. Камалов Садыкжан кары
8. Абдурахманов Кимсанбай ажы

Мезгилинде Казылардын катарына Казылар сыяктуу даражада Кыргызстан мусулмандарына кызмат кылган Шабдан уулу Кемел молдону жана Калыкназар уулу Шапат ажыны айтып келишүүдө. Бул инсандар өз доорунда Кыргызстан мусулмандарынын Казысы болуп иштешкен. Бул маалыматтар бүгүнкү күндө Кыргызстанда жашап, азыркы күндө да, ислам динине өз салымдарын кошуп келе жаткан аксакалдардан алынды. Маалыматтардын так жана архивдик материалдары болбогондуктан, бул Казылардын кайсы жылдары жана канча иштегендери жөнүндө муфтияттын архивинде да так маалыматтар сакталып калган эмес.
Мамлекетибиздеги мусулмандардын 1-Курултайы 1991-жылы өтүп, Кимсанбай ажы Абдурахманов Азирети муфтийлик кызматына шайланган. Андан кийинки Курултай 1996-жылы 26-декабрда өткөрүлгөн. Курултайда Кыргызстан мусулмандарынын Азрети Муфтийи болуп Молдо Абдусаттар Мажитов шайланган. Молдо Абдусаттар аксакал өтө билимдүү аалым, кичи пейил, көп шакирттерди тарбиялаган жөнөкөй киши болгон. 

2000-жылдын 8-апрелиндеги Уламалар Кеңешинин жыйынында өз арызынын негизинде сый-урмат менен ардактуу эс алууга чыгарылган.

2000-жылы кайрадан Уламалар Кеңешинин жыйынында Кимсанбай ажы Абдурахманов Азрети Муфтий болуп шайланып, кызматта 2 жыл 4 ай иштеген.

2002-жылдын 10-август күнү Уламалар Кеңешинин жыйынында Мураталы ажы Жуманов Азрети Муфтий кызматына шайланып, 2003-жылдын 20-апрелинде Кыргызстан мусулмандарынын II Курултайында Азирети Муфтий кызматына бекитилген. Мураталы Жуманов 7 жыл Азирети муфтийлик кызматын аркалап, кайрадан Уламалар Кеңешинин чечими менен муфтийликке шайланып, 2009-жылдын 25-апрелинде Кыргызстан мусулмандарынын III Курултайында Азирети муфтийлик кызматына бекитилип, 2010-жылга чейин эмгектенген. 2010-2012 жылдары Чубак ажы Жалилов Кыргызстан мусулмандарынын Азирети Муфтийи болуп эмгектенген.

2012-жылы Уламалар кеңешинин чечими менен Азирети муфтийлик кызматына Рахматулла ажы Эгембердиев шайланып, 2012-жылдын 15-декабрында Кыргызстан мусулмандарынын IV Курултайында расмий бекитилип, 2014-жылга чейин иштеген. 2014-жылы Аалымдар Кеңешинин чечими менен Азирети муфтийлик кызматына Максатбек ажы Токтомушев шайланып, 2014-жылдын 4-мартында Кыргызстан мусулмандарынын V Курултайы менен расмий бекитилген. 2017-жылдын 4-апрелинде Кыргызстан мусулмандарынын VI Курултайы өтүп, анда Азирети муфтийлик кызматына кайрадан Максатбек ажы Токтомушев расмий бекилип, 2021-жылга чейин эмгектенген.

2021-жылы Кыргызстан мусулмандарынын VII Курултайы өтүп, Азирети Муфтий кызматына Замир кары Ракиев дайындалган. КМДБны 2 жыл 7 ай башкарган ал өз арызынын негизинде урмат-сый менен муфтийликтен кеткен. 2024-жылдын 10-февралында Кыргызстан мусулмандарынын VIII кезексиз Курултайы өткөрүлүп, Азирети Муфтий кызматына бир добуштан Абдулазиз кары Закиров бекитилген. Ошол күндөн тарта Абдулазиз кары Закиров үзүрлүү эмгектенип келет.