Кыргызстан Мусулмандарынын Аалымдар Кеңеши Кыргызстан Мусулмандар Курултайынан кийинки жогорку органы болуп саналат. Аалымдар Кеңеши өз иш аракеттерин Кыргыз Республикасынын кызыкчылыгын, Ислам дининин, Кыргызстан Мусулмандарынын укугун коргоо жана колдоо максатында жүргүзөт. Аалымдар Кеңеши өзүнүн ишмердүүлүгүн Курултай тарабынан бекитилген «Аалымдар Кеңеши жөнүндөгү Жобонун» негизинде алып барат. Аалымдар Кеңешинин мүчөлөрү 21 кишиден турат.